Parafia Ewangelicko-Reformowana w Warszawie przynależy do Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w RP (KER) działającego w Polsce na mocy Ustawy z dnia 13 maja 1994 r. o stosunku Państwa do Kościoła Ewangelicko-Reformowanego w RP.

Kościół ewangelicko-reformowany na ziemiach Rzeczypospolitej Polskiej działa jako zorganizowana struktura od połowy XVI w. Należy on do światowej rodziny Kościołów chrześcijańskich wywodzących się ze szwajcarskiego nurtu Reformacji i jest członkiem Światowej Wspólnoty Kościołów Reformowanych. Naszych współwyznawców we Francji nazywano dawniej „hugenotami”, a w kręgu kultury anglosaskiej mówi się o nich „prezbiterianie”. Na nauczanie i organizację Kościoła zasadniczy wpływ wywarły między innymi myśli Jana Kalwina (1509–1564) oraz żyjącego nieco wcześniej Ulricha Zwingliego (1484– 1531). Więcej na temat historii naszego Kościoła i teologii ewangelicko-reformowanej znajduje się w zakładce historia oraz teologia.

Pracą parafii kieruje Kolegium Kościelne wraz z proboszczem (pastorem) wchodzącym w jego skład. Kontrolę nad pracą Kolegium Kościelnego sprawuje komisja rewizyjna. Kolegium Kościelne, komisję rewizyjną oraz proboszcza wybiera Ogólne Zgromadzenie Zboru, czyli wszyscy dorośli członkowie parafii opłacający składkę. Więcej informacji o ustroju Kościoła ewangelicko-reformowanego przeczytać można w zakładce demokracja w Kościele.

Proboszczem parafii od roku 2008 jest ks. Michał Jabłoński, absolwent Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej w Warszawie i wydziału teologii ewangelickiej New College Uniwersytetu w Edynburgu. Ks. Michał Jabłoński został ordynowany na pastora KER 25 maja 1995 r. Przed objęciem parafii warszawskiej służył w parafiach w Pstrążnej i Strzelinie. Zakres obowiązków proboszcza określa wokacja

W skład Kolegium Kościelnego wchodzą: Piotr Niewieczerzał (prezes), Monika Weber (wiceprezes), ks. Michał Jabłoński (proboszcz), Barbara Rayska, Maciej Skierski, Katarzyna Karpińska, Katarzyna Jankowska, Wojciech Baran, Katarzyna Okulska,  Marzena Matejka (przewodnicząca warszawskiej Diakonii). Zastępczyniami członków Kolegium są: Paulina Osińska i Ewa Scholl.

Członkami komisji rewizyjnej są: Hanna Tranda (przewodnicząca), Desiré RasolomampiononaMaciej Konwicki oraz Elżbieta Sobolewska (zastępczyni).